大抵は、独自ヘッダファイルをインクルードしてたりしてる場合に、cygwinのインクルードパス上に「そんなもんないぞゴルァ！」ってことでインデクサー様がお怒りになっている。
cygwinの/usr/includeに、必要なヘッダファイルつっこんどけば治る。
理想は各パッケージのincludeディレクトリにパスを通すことだけど、Eclipseをエディタとしてだけ使って、コンパイルはLinux上で行うというスタンスならば特に問題なし。
これだけでも、eclipseの恩恵はでかい。
秀丸のgrepでいちいち関数ジャンプしなくていいし。