MySQLは4.1.1以降からMySQLサーバでの文字コード変換というありがた迷惑な機能が実装されている。
勝手に変換すんなよって感じ。
これのおかげで問題の特定が困難になることが多いので無効化する。
[mysqld] default-character-set=ujis ←文字コードの指定(この場合ujis) skip-character-set-client-handshake(サーバ側での変換を無効にするオプション)
これをmy.cnfに追加して、MySQLサーバを再起動すればOK。
なお、「skip-character-set-client-handshake」が使えるのは4.1.15以降と5.0.13以降のバージョン。
参考サイト