Eclipseは「Makefileの生成まではそちらでやってくださいよ」というポリシーっぽい（予想）。
なので、Autotools対応プロジェクトの場合、configureを実行して、Makefileを生成するところまでは事前にコンソールでやっておく。
具体的な手順としては、
・SVNチェックアウトでソースをプロジェクトに取り込む
・CDTのプロジェクト・エクスプローラー上で、該当するプロジェクトのトップディレクトリを右クリック→「新規」→「C/C++ Makeプロジェクトへの変換」をクリック
・CDTが自動的にビルドをしようとするが、Makefileがないので、ビルド対象がないとのエラーが出る。
・コンソールでconfigureしてMakefileを生成する
・「プロジェクト」→「クリーン」でビルドが走るようになる。