多分、Windows版CDTのバグだと思うんだけど、「ビルドから除外」を選択して、ソースをビルド対象外にすると、「ビルドから除外」がずっと暗転したままになって、二度とビルド対象に含めることができなくなることがある。
そういう場合の対処法は
・eclipse.exe -clean.cmdを実行してみる。
それでもダメなら
・プロジェクトのプロパティを開き、「C/C++ 一般」→「パスおよびシンボル」→「ソース・ロケーション」で、「フィルターの編集」をクリックし、ビルド対象に含めたいソースの排他パターンを削除する。
これでなんとかなる。
Linux版ではおこらないんだけどなー。
なんとかしてほしいものです。