http://nippondanji.blogspot.com/2010/03/innodb-plugin.html
リンク先のまんまってことで。
my.cnfの[mysqld]に
[mysqld] ignore-builtin-innodb plugin-load=innodb=ha_innodb_plugin.so;innodb_trx=ha_innodb_plugin.so;innodb_locks=ha_innodb_plugin.so;innodb_lock_waits=ha_innodb_plugin.so;innodb_cmp=ha_innodb_plugin.so;innodb_cmp_reset=ha_innodb_plugin.so;innodb_cmpmem=ha_innodb_plugin.so;innodb_cmpmem_reset=ha_innodb_plugin.so
の2行を追加すればOKってことで。
ちなみに5.5ではデフォで有効化されている。