ゴミができる原因
既存の証明書に新しいドメインを追加するなど、更新処理を行う際に、「拡張(Expand)」か「新規で作る(Cancel)」かを聞かれるのだが、ここでCancelを選択してしまうと「ドメイン名-0001」というような証明書ができてしまう。
現在存在している証明書の確認
# certbot-auto certificates
これで存在する証明書を確認。
いらない証明書データの削除
# certbot-auto delete --cert-name example.com-0001
という感じで消す。
なお、念のため作業時はApacheを停止しておこう。