■環境変数HOMEの設定
「コントロールパネル」→「ユーザーアカウントと家族のための安全設定」→「ユーザーアカウント」→「環境変数の変更」にて、ユーザー環境変数に、
HOMEとして「%USERPROFILE%」を追加する。
反映されているかどうかはコマンドプロンプトでsetを実行すれば確認できる。
参考：http://wiki.eclipse.org/EGit/User_Guide#Basic_Tutorial:_Adding_a_project_to_version_control
■msysgitへのパス設定
「EGit dose not require Git to function…」というダイアログは下記手順で抑制する。
「ウィンドウ」→「設定」→「チーム」→「Git」→「構成」→「システム設定」にて、
「ロケーション」に下記内容を設定する。
「C:\Program Files(x86)\Git」
なんか色々パス設定されるのを確認して設定を保存後、eclipseを再起動すれば、警告が表示されるなくなる。