■インストール
http://www.fides.dti.ne.jp/~oka-t/doxygen.html#install
↑
とかでよくね？
試してないからわからんけど。
■設定ファイルの生成
カレントディレクトリをソースコードの存在するディレクトリに移動。
$ doxygen -g
カレントディレクトリにDoxyfileが生成される。
■設定ファイルの修正
$ vi Doxyfile
お勧めの設定
INPUTにカレントディレクトリのフルパスを設定（ルートを設定したことになる）
例：INPUT = /home/tappe/hoge
RECURSIVEをYESに変更し、再帰的にディレクトリを検索するように設定
例：RECURSIVE = YES
EXCLUDEで除外したいディレクトリをフルパスで指定（相対で指定する方法あるのかな・・・・？）
例：EXCLUDE = /home/tappe/hoge/test
/home/tappe/hoge/meso
↑/home/tappe/hoge/testと/home/tappe/hoge/mesoが除外される
パターンで除外させたいときはEXCLUDE_PATTERNSも併用する。
GENARATE_LATEXでLATEXの出力をやめる（今のところいらないので）
例：GENARATE_LATEX = NO
詳しくは↓で
http://www.doxygen.jp/starting.html
■doxygenの実行
$ doxygen Doxyfile
カレントディレクトリにhtmlディレクトリが生成され、その中になんかドキュメントができる。