maven-checkstyle-pluginでの設定ファイルの明示的な指定

    
      
        
          org.apache.maven.plugins
          maven-checkstyle-plugin
          2.9.1
          
            
              ${basedir}/checks.xml
            
          
        
      
    

こんな感じで指定してやればいい。何も指定しないとsunの標準を使う。
詳しくはMaven2.0入門の139ページ。