CDTで既存ディレクトリを開くには

まず、C/C++プロジェクトを作る（設定はデフォルトでいい）
次に、プロジェクト名を右クリック→新規→フォルダー→拡張
を選択し、既存のソースディレクトリを指定すればリンクが張られる。